A transferência do trono português para o Brasil, em 1808, foi um dos acontecimentos mais destacados da história colonial brasileira. O pouco tempo que D. João VI e a família real permaneceram na Bahia, um mês e dois dias, foi o suficiente para que se registrassem alguns fatos de relevância nacional.
Após abrir os portos do Brasil às nações amigas de Portugal, D. João VI assinou, em 18 de fevereiro de 1808, o documento que mandou criar a Escola de Cirurgia da Bahia, no antigo Hospital Real Militar da Cidade do Salvador, que ocupava o prédio do Colégio dos Jesuítas, construído em 1553, no Terreiro de Jesus.
Em 1º de abril de 1813 a Escola se transformou em Academia Médico-Cirúgica. Em 03 de outubro de 1832 ganhou o nome de Faculdade de Medicina, que guarda até hoje.
Situada entre igrejas, conventos e casarões coloniais, o Brasil viu nascer sua ciência médica, conheceu grandes nomes - professores, cientistas e alunos - e concentrou uma grande parte de seu interesse na atuação profissional, social e política dos doutores da Faculdade.
Muitas, entre milhares de testes e estudos realizados, deram início às pesquisas tropicalistas, médico-legais, psiquiátricas e antropológicas, determinando a expansão da cultura médica nacional e procedimentos avançados no tratamento de doenças típicas do país.
Vultos como Manuel Vitorino, Afrânio Peixoto, Nina Rodrigues, Oscar Freire, Alfredo Brito, Juliano Moreira, Martagão Gesteira, Prado Valadares, Pirajá da Silva e Gonçalo Muniz, projetaram nacional e internacionalmente Faculdade pelas suas atuações de ensino e pesquisa. Também, tendo estado a Bahia, sempre em destaque na política nacional, não poderia deixar a liderança, justificada pela profunda formação humanística dos mestres e sua influência na comunidade.Assim, os salões da faculdade serviram de palco para acirradas discussões, agitados debates e até mesmo lutas armadas, que marcaram decisivamente os rumos tomados pelo contexto social e político nacional - como na Guerra do Paraguai, na Guerra de Canudos e na Segunda Guerra Mundial.
Todo o precioso acervo histórico da Faculdade, de sua fundação até os dias de hoje, foi recolhido e catalogado pela Universidade Federal da Bahia para compor o extraordinário acervo do Memorial da Medicina da Faculdade de Medicina da Bahia, organizado no Reitorado Macedo Costa.
Em dois séculos de uma história gloriosa, a Famed sofreu grandes abalos, como os dois incêndios que comprometeram seriamente sua estrutura. Após o último deles, no começo do século XX, foi totalmente restaurada. Mas foi a Reforma Universitária, que se deu no ano de 1968, que interrompeu a trajetória da Faculdade na bela edificação do Terreiro de Jesus.