No século XVI o Estado absolutista português já se encontrava consolidado e tinha dois importantes órgãos administrativos, o Conselho Real, cujos membros eram nomeados pelo próprio monarca, e as Cortes, representação das diferentes classes (ordens) sociais. Era semelhante a um parlamento, mas sem poder deliberativo.
Além desses órgãos administrativos, a Coroa contava com um conjunto de leis, conhecidas como Ordenações Manuelinas, que estabeleciam amplos direitos ao rei. Pelo menos nominalmente, todas as terras pertenciam ao monarca, e todos os habitantes, tanto da metrópole como da colônia, eram seus súditos.
Com a constituição do governo-geral, muito mais adequado ao absolutismo da metrópole, seria mais fácil de coordenar a política mercantilista e a exploração econômica do Brasil, garantindo lucros para a burguesia comercial lusitana e rendas para a Coroa. Além disso acreditava-se que esse sistema administrativo poderia defender melhor as terras brasileiras da cobiça de outras potências européias.
Os jesuítas, que aqui chegaram junto com o primeiro governador geral, ajudaram a assegurar a administração colonial catequizando os índios. Quando Portugal e o Brasil passaram para o domínio da Espanha (1580-1640), o sistema administrativo sofreu pequenas alterações.
Tomé de Sousa – Primeiro Governador-Geral
No começo de 1549, Tomé de Sousa foi designado governador-geral do Brasil, chegando aqui em março daquele ano. No dia 1 de novembro de 1549, fundou a cidade de São Salvador, a primeira capital do Brasil. Como governador-geral, Tomé de Sousa estava obrigado a seguir as determinações do regimento real. Uma delas era reprimir os Tupinambá, que não reconheciam a autoridade portuguesa. Outra, catequizar o maior número possível de índios com o auxílio dos padres jesuítas que vieram com ele para o Brasil. A escravidão do indígena era proibida, e o governador estava encarregado de reprimi-la. Outra incumbência importante era perseguir e lutar sem trégua contra piratas estrangeiros que traficavam o pau-brasil.
Cabia ao governador-geral organizar um sistema de cobrança e fiscalização dos impostos, criando o cargo de provedor-mor (fiscal), e desenvolver a política de incentivos aos engenhos de açúcar. O governador deveria ainda criar a Casa de Alfândega para facilitar ao corregedor-mor a tarefa de organizar os livros da Fazenda Real (espécie de ministério da Fazenda/Economia).
Depois, distribuiu sesmarias pelo interior, dando origem a fazendas de gado, trazido da ilha de cabo Verde. Apesar de todo dinamismo, o governador-geral encontrou duras resistências por parte da próspera capitania de Pernambuco, sob a chefia de Duarte Coelho.
Em 1551, Tomé de Sousa, criou o primeiro bispado do Brasil, dirigido por D. Pero Fernandes Sardinha. Seu período administrativo findou em 1553, e ele foi substituído por Duarte da Costa.
Pedro, Antônio: História de Civilização ocidental: ensino médio: volume único.